Коноха
После того, как Наруто вернулся после трехгодового обучения у Джираи в деревню, началась война. Саске же тоже соизволил вернуться в Коноху, но он немного опоздал. Война была в самом разгаре, когда Учиха вернулся в деревню со словами «А вот и я!»
Сакура в это время была на миссии. Она не знала о возвращении друзей. Пока Сакуры не было, была тяжелая битва. Погибли многие люди, включая родителей Харуно.
После миссии девушка зашла домой в надежде, что там мирно спят её родители, но дом был разрушен, и соседи сказали, что её родители были убиты в сражении. Девушка в отчаяние стала бродить по улицам Конохи. Заметив, что в доме Саске горит свет, она решила зайти.
Сакура и Саске уже неделю встречались после того, как девушка встретила его на миссии. Он сказал, что она никогда не была ему безразлична. На тот момент Саске не собирался возвращаться в Коноху.
Когда девушка увидела свет в доме Саске, то подумала, что там кто-то есть. А тут бац, и Саске собственной персоной дверь открыл. Все в шоке. Сакура поведала ему свою грустную историю. Саске предложил Сакуре пожить у него. А у, девушки вариантов не было.
Наруто, тем временем стал встречаться с Хинатой.
Наруто  взяли в плен Акацки. Цунаде послала Саске и Сакуру,  чтобы они спасли друга. Сакура обиделась на Саске из-за того, что у него в голове опять была одна месть.  Из-за того, что в Конохе отсутствуют два сильных ниндзя и хороший медик, было решено напасть на деревню еще раз. Ино сильно ранили, Сай признался ей в любви и предложил выйти за него замуж. А что Ино, а Ино согласилась. Неджи признался в любви Тен Тен. И не смотря на войну между двумя деревнями, Шикамару спас жизнь Темари и они стали встречаться. Гаара, решил помочь Конохе и Суна присоединилась к Конохе. Вскоре, война была закончена, и Наруто с друзьями вернулся домой живой и невредимый, как раз к свадьбе Ино.
Суна
Гаара стал Кадзекаге и дела в деревне улучшились. В Конохе и в Ото была война, но Суна не вмешивалась в дела соседей. Однажды, в деревню песка пришла девушка. Она была посланницей из Конохи. Она принесла послание от Цунаде в котором Пятая Хокаге просила помощи. В начале, Гаара не хотел помогать. Его больше интересовала девушка пришедшая из Конохи .
Он, если быть точным, влюбился в неё чуть ли не с первого взгляда. Об этом не знал никто.
Гаара любезно предложил девушке  остановиться в его доме. Девушка согласилась не долго, думая. Все равно выбора у неё не было, а ночевать на улице не очень-то хотелось.
На следующий день, парень согласился помогать  Конохе. Как ни странно, но девушку тоже зацепил, молодой и симпатичный Кадзекаге. Суна присоединилась к Конохе, а Гаара признался в любви девушке, но конечно не сразу, а спустя некоторое время.
Помощь пришла вовремя и Коноха выиграла войну. Гаара женился на девушке.
Ото
Ото развязала войну с Конохой. Причина того было предательство Саске. Учиха «кинул» Орачимару и это послужило отличным поводом для войны. Кабуто создал новое оружие, которое послужило не в пользу Конохи.
Благодаря этому оружию Коноха должна была проиграть, но… по каким-то причинам,Суна встала на  защиту Конохи.
Из-за ухода Саске, его команда распалась. Карин, решила вступить в Акацки. Все остальные разошлись кто куда. Девушка была, чуть ли не в отчаяние из-за того, что её любимый Саске предал её, и возненавидела Сакуру. Когда Саске признавался в любви Сакуре, Карин услышала их разговор.
Акацки
В Акацки неожиданное пополнение. После предательства Саске, Карин решила вступить в Акацки. Она понравилась Итачи и тот, это не особо скрывал. То, что Итачи тоже Учиха привело Карин к выводу, что нужно переключить внимание на него. Но ненависть к Сакуре все же осталась. Она попросила Итачи, чтобы тот взял в плен лучшего друга Саске и Сакуры – Наруто. Итачи согласился и приказал, нескольким, людям пойти в Коноху. Конан забеременела от Пейна и они решили временно уйти из Акацки оставив свой пост Итачи. Когда ребенок подрастет, они вернуться и все встанет на круги своя.
Наруто держали как пленника, и хотели отнять чакру девятихвостого лиса. И почти сделали это, если бы не пришедшие Саске с Сакурой.  Итачи приказал всем уйти, и стал сражаться с Саске, а Карин захотела отмстить Сакуре и решила убить её в нечестном бою. В убежище Акацке остались лишь они вчетвером.
Наруто лежал без сознания в тайной комнате и не знал, что происходит наверху.
Бой длился довольно долго. Сакура победила Карин и та отступила, а где находились,  Учихи  было непонятно.
Харуно стала бродить по коридорам, но звуков битвы нигде не было. Наконец, она зашла в комнату, где стояли братья. Они не дрались, оба были ранены, но не настолько серьезно. Чакры у обоих было тоже предостаточно, но почему-то боя не было. Вдруг, девушка поняла, что находиться не в комнате, а где-то вообще в прошлом. Она увидела Саске, Итачи и походу весь клан Учиха. Она видела, как Итачи приказали убить клан, а тот поначалу отказался. Но на него надавили, и ему пришлось согласиться. Дальше она увидела, как он убил свой клан. Девушка невольно вспомнила про свою семью.  Дальше, она вышла из транса и очнулась в комнате.
Она спросила, что произошло, но ответа не последовало. Далее, Итачи и Саске стали разговаривать впервые как братья, без признаков агрессии. Сакура решила оставить их наедине.  А Карин, тем временем, решила вернуться за Итачи, Сакура попыталась остановить её, но та все равно вошла в комнату и получила жесткий ответ от Итачи и Саске. Она начала вновь настраивать Саске против Итачи, на что оба брата лишь рассмеялись, а Сакура заткнула девушке рот. Братья помирились и заключили мир дружеским рукопожатием. Итачи остался в Акацке, а Сакура, Саске и Наруто отправились домой.  Периодически, Саске встречался с Итачи. Пейн вернулся, но оставил пост Итачи.